GPdI Yogyakarta mulai diperkenalkan ketika Pdt. S.I.P. Lumoindong membuka kebaktian pertama tahun 1928 di jalan Ngupasan. Kemudian antara tahun 1928-1930 tempat kebaktian dipindahkan ke Jalan Gondomanan dan Jalan Yudonegaran, dipimpin Pdt. Abkaude dibantu Pdt. Johan Van der Lip dan adiknya Pdt. Piet Van der Lip. Pada tahun 1931 dengan memakai nama De Pinkster Gemeente pindah lagi ke Ngadiwinatan dan empat tahun kemudian pindah ke Poncowinatan dilayani Pdt. Theunis Andriesse.
Ternyata di tempat baru itu hanya bertahan beberapa bulan dan kemudian dipindah lagi ke Ronodigdayan menempati rumah kecil yang sangat sederhana. Melihat keadaan yang menyedihkan itu, seorang ibu anggota gereja bernama Ny. Smith yang suaminya bekerja sebagai pegawai tinggi pada Perusahaan kereta Api telah membuka sendiri Kebaktian De Pinkster Gemeente di jalan Sindunegaran pada tanggal 20 Agustus 1935 seorang tokoh pengusaha bis Go Djoen Bok mengusahakan rumah yang lebih strategis di Jl. Tugu Kulon (sekarang Jl. P. Diponegoro) no 28 hingga sekarang.
Sedang tempat kebaktian di Ronodigdayan kerana keuangan gereja yang lemah dibanding dengan gereja di Tugu Kulon kemudian dipindahkan ke Bausasran Kidul di bawah pimpinan Pdt. Christ Van Thiel. Antara tahun 1935-1936 dibuka lagi dua gereja masing-masing oleh Pdt. Johan Van der Lip dengan nama Pinkstervreugd di Jl. Ngupasan dan Pdt. Piet Van der Lip dengan nama Pinksterzending di Sosrowijayan. GPdI Sosrowijayan sekarang digembalakan oleh Pdt. Samuel Suwondo yang melanjutkan kepemimpinan ayahnya, Pdt. Petrus Suwondo.
De Pinkster Gemeente di Bausasran semakin berkembang sehingga pada tahun 1937 tempat kebaktian tidak bisa menampung jemaah dan dipindahkan ke Jl. Lempuyangan-Wangi 15 (sekarang Jl. Hayam Wuruk). Pembantu pendeta pada waktu itu ada 5 orang, salah seorang diantaranya adalah The Kiem Koei (R. Gideon Sutrisno). Pada waktu Perang Dunia II dan masa Revolusi tahun 1943-1946 keempat gereja yang ada yaitu De Pinkstervreugd, Pinksterzending, De Pinkster Kerk (Gereja Pantekosta di Tugu Kulon) dan Gereja Pantekosta di Jl. Lempuyangan-Wangi bergabung menjadi satu dibawah pimpinan Pdt. R. Gideon Sutrisno. Sejak saat itu hanya ada 2 gereja yakni di Lempuyangan dan Tugu Kulon, keduanya dipimpin Pdt. Joe Tjien Gwan dari Solo yang diajak bekerja sama oleh Pdt. R.Gideon Sutrisno. Dan pada tahun 1946 didirikan Majelis Gereja Pantekosta Yogyakarta.
Pada masa pendudukan Belanda tahun 1948-1949 Pdt. The Kiem Koei pergi ke Jakarta untuk mengikuti Musyawarah Besar GPdI. Karena Yogyakarta sebagai ibukota RI waktu itu dinyatakan tertutup, Pdt. The Kiem Koei tinggal di Jakarta dan Semarang selama 6 bulan. Ia baru dapat masuk kembali ke Yogyakarta pada tanggal 27 November 1949, namun sebagian besar anggota jemaat sudah banyak yang mengungsi. Anggota jemaat gereja mulai berkembang pesat antara tahun 1955-1958 sehingga tempat kebaktian yang ada dirasakan tidak mampu lagi menampung anggota dan mulailah dibentuk panitia pembangunan gedung gereja dan berhasil membeli rumah / tanah di Jl. Hayam Wuruk 20 (GPdI Hayam Wuruk). Setelah peletakan batu pertama tanggal 19April 1959 oleh kemurahan Tuhan hanya dalam waktu 8 bulan gedung gereja itu selesai dibangun dan ditahbiskan pada tanggal 13 Desember 1959 oleh pengurus Pusat Pdt. E. Lesnussa. Gereja baru itu ternyata terus berkembang semakin pesat dan sekarang setiap minggu diadakan Kebaktian 3 kali. Itupun belum mampu menampung semua anggota jemaat sehingga muncul pikiran dan harapan baru untuk mencari tanah yang lebih luas dan membangun gedung gereja yang lebih besar. Mengutip Mazmur 127:1 ”Jikalau bukan Tuhan yang membangun rumah, niscaya sia-sialah orang membangunnya.” Alm. Pdt. R. Gideon Sutrisno optimis berkat pimpinan Roh Kudus akan selalu menyertai gerejanya.
Sepeninggal Alm. Pdt. R. Gideon Sutrisno, penggembalaan di GPdI Hayam Wuruk dilanjutkan oleh istri beliau, Ibu Pdt. Lianawati Sutrisno yang menggembalakan hingga saat ini, dengan dibantu oleh beberapa orang hamba Tuhan, seperti Bapak Pdt. Moesarif Haryawan, Pdt. Yahya Untung, dan Pdm. Theofilus Santoso (Gembala untuk cabang Tugu Kulon/ Diponegoro).
 
Adapun susunan Koordinator & Sie/ Bidang di GPdI Hayam Wuruk & Cab. Diponegoro adalah sebagai berikut:
1.Seksi Perawatan Gereja dan Gedung Agape: Bpk. Andreas, Bpk. Agung
2.Seksi Musik, Pujian dan Tamborine  
Ketua: Sdri. Rebecca Soat Ling
Koordinator Musik: Sdr. Yakub
Bidang Perawatan Alat Musik: Sdr. Yakub, Sdr. Daniel Yowei
Bidang Penjadwalan: Sdr. Ipunk, Sdr. Michele
Bidang Regenerasi: Sdr. Agustinus Puka, Sdr. Ivander Koordinator
Sie Musik Ibadah Umum I & II: Sdr. Yakub
Koordinator Sie Musik Ibadah SM Kecil & HW Kids: Sdr. Michele
Koordinator Sie Musik Ibadah SM Besar & HW Teens: Sdr. Ivander
Koordinator Sie Musik Ibadah HW Youth: Sdr. Agustinus Puka
Koordinator Sie Musik Ibadah KMDM: Sdr. Hernawan
Koordinator Sie Musik Ibadah Pria & Lansia: Sdr. Ipunk
Koordinator Sie Musik Ibadah Bidston Senin: Sdr. Daniel Dennis
Koordinator Sie Musik Ibadah Pendalaman Alkitab: Sdr. Yahya
3.Seksi Pernikahan: Ibu Djajuli, Bpk. George Elim
4.Seksi Doa
Ketua: Ibu Desya Kartika
Penanggung Jawab Doa Senin: Bpk. Suharyanto
Penanggung Jawab Doa Pagi: Sdri. Jenny
Penanggung Jawab Doa Sabtu: Bpk. Suharyanto, Sdri. Jenny
Penanggung Jawab Doa Aktivis: Ibu Desya Kartika
Wadah Sekolah Minggu: Bpk. Stefanus Gatot
Wadah HW Youth: Sdri. Thetie
Wadah KMDM: Bpk. Surya Sasmita
Wadah Kaum Wanita: Ibu Peng Hwa
Wadah Kaum Pria: Bpk. Suharno
Wadah Tamborine: Sdri. Fanny
5.Seksi Pelawatan/ Besuk: Bpk. Moes Arif H., Bpk. Theofilus S., Bpk. Yahya Untung
6.Seksi Usher dan Kolektan: Ibu Maria Chandra, Bpk. Suharyanto, Ibu Rini Surya Sasmita
7.Seksi Sound System, Multimedia, dan Pemeliharaan Peralatan: Bpk. Budi Setio, Bpk. Susiyanto
8.Seksi Perjamuan Kudus, Baptisan Air (+ Surat Baptisan), dan Ibadah Raya: Ibu Iin, Ibu, Cecilia, Bpk. George Elim
9.Seksi Keamanan/ Koster Gereja: Bpk. Paulus Hermawan, Bpk. Rory Minanta
10.Seksi Kematian
Ketua, Bendahara: Bpk. Bambang Tamtomo
Pendamping: Bpk. Hermawan
Penasehat: Bpk. Siswo Sudarno
Sekretaris: Bpk. David Sukamto
Sie Transportasi: Bpk. Deni Aryanto, Bpk. F. Suwandi
Sie Umum: Bpk. Bari, Bpk. Rudy Yacob, Bpk. Sutanto, Bpk. Astriman, Bpk. Budi Nugroho Widodo, Bpk. Adi Priyanto (Cab. Diponegoro), Bpk. Baruno, Bpk. Bambang Sugiarto, Ibu Maria Chandra
11.Seksi Pernikahan: Ibu Djajuli, Bpk. George Elim
12.Seksi Sekretariat Gereja: Bpk. Stefanus Gatot, Bpk. Sutejo
13.Seksi Penginjilan: Hamba-hamba Tuhan dan para Majelis
14.Seksi Litbang: Bpk. Hariyono
15.Seksi Komunikasi dan Publikasi: Bpk. Sutejo
16.Seksi Akomodasi dan Transportasi: Bpk. Anton Sutrisno
17.Seksi Konsumsi: Ibu Rachel Djajuli, Ibu Maria Chandra, Ibu Moes Arif H.
18.Seksi Perlengkapan: Bpk. Widodo